В стакан налили холодную воду поставили в темную теплую комнату откуда взялись пузырьки

Это явление можно объяснить тем, что вода имеет в своем составе газы. Это и углекислый газ, кислород и другие. Вода нагревается, начинает происходить испарение газов. Испаряясь, они начинают образовывать пузырьки на стенках стакана. Наибольшая часть газов будет испаряться с поверхности воды.