Не совсем понял как пограничники на территории Грузии могут определить, бывали ли вы в Абхазии или нет, знаете ли вы что то о тех краях или нет?
Думаю никак, по крайней мере для них это будет практически нереальной задачей.
При посещении Абхазии пограничники не ставят штамп в паспорт, по крайней мере если речь идет о гражданах Российской Федерации, причем независимо от того будете ли вы подавать на въезде в страну загранпаспорт или свой Российский(да да, въезд в Абхазию возможен по обоим документам), проблем при посещении Грузии у вас далее не возникнет, просто потому что база данных тех людей которые на самом деле бывали в Абхазии в обход Грузии не доступна Грузинским пограничникам и думаю не будет доступна никогда.
Так что после посещения Абхазии можно смело ехать в Грузию, проблем не будет.