Почему горные области на карте природных зон обозначены отдельно

Потому что природная зона может изменяться в зависимости от высоты. Чем выше, тем холоднее и ниже атмосферное давление. Выходит, что по мере подъема на гору, мы оказываемся в разных природных зонах. Снизу, например, это может быть степь или лесостепь, а выше - тундра.