Конечно уже поздно советовать, майские праздники уже прошли, но вопрос есть вопрос. В посольстве надо в информации спросить , что делать, только они до конца знают порядок выдачи виз в разных случаях, советы со стороны Вас могут ввести в заблуждение и будете иметь проблему на границе по "вине" какого-то гражданина (я не только про этот случай). Вы планируете два раза въезжать в Литву, сначала на поезде (УПД-ЖД), проездом, потом самостоятельно, транзитом, может задержитесь, а если пробка на границе (последнее время очень много белорусов ежедневно пересекает границу) . Каждый случай въезда рассматривается отдельно от другого. Успехов.