как охраняют воду от загрязнения в Санкт-Петербурге

Для начала, не надо создавать причин её охранять (не выбрасывать мусор и подобное)
Для канализации имеются городские отстойники, в ведении водоканала. Там установлены современные методы очистки. Такое есть и в крупных предприятиях. Проводят масштабные очистки.
Также существуют организации которые борются за чистоту в водах.
Ещё запрещают мыть машины в реках, загрязнять прибрежную территорию отходами, в наказание штраф или похуже.