Почему площадь бассейна реки, как правило, больше, чем площадь, занятая ее системой.

Потому что система включает в себя только совокупность главной реки и ее притоков, которые впадают в море/озеро/океан и т.д. Бассейн же включает в себя те же самые притоки, реку, речушки и самое главное грунтовые воды.